Cada Clínica posee una serie de programas relacionados con su campo profesional, tendientes a promover la salud, prevenir, diagnosticar, intervenir e investigar los diversos trastornos que afectan a la población infantil, adolescente, adulta y adulta mayor con el fin de mejorar su calidad de vida.

Destaca entre ellos el programa de Bienestar Social, en el cual se atiende a poblaciones de bajos recursos o en riesgo social de todo el país, desde Coto Brus hasta La Cruz, y Centroamericanos.  El 50% de los pacientes que asisten al IDI pertenecen a este programa. Para tener acceso a este, los pacientes llenan un cuestionario, se les realiza un estudio socioeconómico para tomar la decisión de la tarifa a cobrar.  Hay personas a las que se les exonera de pago.

Existen otros programas especializados según las diferentes Clínicas.   Se hacen intervenciones en  centros educativos y empresas con cómodas tarifas.  Al Ministerio de Salud se da asistencia gratuita en las Ferias de la Salud para promocionar la salud terapéutica.  El IDI ha participado en los últimos cuatro años a la Feria del Corazón,  la Lactancia Materna,  la Salud Mental, el Adulto Mayor, el Día Mundial del Tabaco y el Día del Deporte.

Otro programa se encarga de intervenir en grupos de población con algún tipo de limitación funcional (discapacidad) o en riesgo de padecerla como el grupo de fibromialgia, el taller de voz para docentes y actualmente se está organizando la atención a grupos de pacientes cardiópatas.